В 1325 году по приказу гроссмейстера Тевтонского ордена Вернера фон Орзельна мастер Арнольд фон Эйленштайн (Ойленштейн) на окруженном болотами и речкой холме, на месте прусской крепости Сутвирт, начал строительство укрепленного дома, получившего название замок Иле. Осуществлять надзор за строительством замка было поручено комтуру Бальги Дитриху фон Альтенбургу. На речке орденцы построили плотину с мельницей, уровень воды поднялся и замок оказался на острове. К 1330 году было построено каменное укрепление квадратной формы, окруженное рвом, с подъемным мостом и воротами с решеткой. С восточной стороны к укреплению был пристроен форбург. В исторических документах первое упоминание о замке относится к 1326 году, где он называется «Иле», в записях 1342 года – «Иладия», в 1400 году – «Пруще Илов».
До 1347 года замок Пруше Илов (Прейсиш-Эйлау) являлся резиденцией орденского пфлегера, затем в нем разместилась администрация каммерата, входящего в комтурство Бальги. Наиболее известным пфлегером замка Прейсиш-Эйлау был Конрад фон Валленроде, ставший впоследствии великим магистром Тевтонского ордена. В 1335 году на соседнем с замком холме была построена церковь и, начиная с этого времени, пространство между замком и церковью быстро стало застраиваться жилыми домами. К 1348 году в селении около замка существовало 12 трактиров. В 1400 году в результате удара молнии в замке произошел пожар, уничтоживший все его деревянные конструкции и строения. Вскоре замок был восстановлен. В постройках замка содержалось значительное хозяйство, на 1412 год оно включало 76 лошадей, 58 быков и коров, 356 овец, 170 свиней.

В феврале 1454 года, в ходе Тринадцатилетней войны, замок Прейсиш-Эйлау был взят войском Прусского союза, однако вскоре был отбит войсками Тевтонского ордена. 24 мая 1455 года гарнизон замка Прейсиш-Эйлау, состоящий из нескольких рыцарей и полусотни ополченцев, выдержал первый штурм двухтысячного войска Прусского союза под командованием Ремшеля фон Криксена. Силы были неравны, но подоспевший из Кенигсберга (ныне город Калининград) отряд тевтонцев численностью шестисот человек внезапно атаковал осаждающих. Около восьмисот из них были убиты, а триста человек попали в плен. Среди оборонявших замок Прейсиш-Эйлау на момент прихода помощи в живых оставалось пятнадцать человек.
В октябре 1455 года союзное войско вновь атаковало замок Прейсиш-Эйлау, к тому времени отремонтированный и усиленный людьми, сожгло форбург, захватило много орденских верховых лошадей, но замок взять так и не смогло. В марте 1456 года из Фридланда (ныне город Правдинск) на Прейсиш-Эйлау выступил сильный отряд. Гарнизон вышел за стены замка и встречным ударом обратил наступавших в бегство, захватив в качестве трофея 54 верховые лошади.
В 1492 году гроссмейстер Ордена Иоганн фон Тиффен передал замок Прейсиш-Эйлау потомкам гроссмейстера Генриха Реуса фон Плауэна. В XVI веке, за заслуги перед Орденом, замок был пожалован семейству Лендорфов, которые владели им до 1575 года. С 1514 года в Прейсиш-Эйлау начали проводиться регулярные ярмарки.

В мае 1520 года четырехтысячное польское войско захватило и сожгло поселение и осадило замок. Гарнизон Прейсиш-Эйлау под руководством рыцаря Фридриха Трухзеса Вельтбурга и курляндского военачальника Фирике отразил все атаки поляков и орудийной стрельбой нанес войску противника урон, вынудив его через несколько дней снять осаду.
После секуляризации Тевтонского ордена замок Прейсиш-Эйлау стал имением. 30 ноября 1585 года регент Георг Фридрих даровал поселению у замка Прейсиш-Эйлау городское право и герб. В верхней части герба, на поле цвета болотистой земли, помещен золотой лев, в нижней части герба на серебряном поле изображены три черных тевтонских креста. В конце XVIII века имение арендовал, а затем выкупил некто Карл Готтер Гибензан, позже оно было продано жене советника Рибензама.
7-8 февраля (26-27 января) 1807 года при Прейсиш-Эйлау произошло сражение между французской и русско-прусской армиями. Русской армией командовал генерал от кавалерии Леонтий Леонтьевич Беннигсен, французской - император Наполеон I Бонапарт, наблюдавший за ходом сражения с башни городской кирхи. Сражение, унесшее более 40 тысяч человеческих жизней, не выявило победителя. С 7 февраля по 17 февраля 1807 года в Прейсиш-Эйлау, в доме на Ландсбергской улице (дом не сохранился, ближайший – дом 19 по улице Центральной), располагалась главная квартира Наполеона.
В 1814 году имение Прейсиш-Эйлау купил некто Генрих Сигизмунд Валентини, переименовав его в Генриеттенхоф, в честь своей жены. В связи с тем, что замок активно разрушался, чета Валентини построила новый дом в километре на северо-запад от замка, куда было переведено все хозяйство. 1 апреля 1819 года город Прейсиш-Эйлау получил статус административного центра одноименного округа. В 1831 году на фундаменте крепостного форбурга замка Прейсиш-Эйлау, между восточным флигелем и амбаром, было возведено здание новой усадьбы в неоклассическом стиле. В фасад усадьбы был вмурован гранитный камень, на котором изображалась голова рыцаря в шлеме. В 1835 году в городе вышел первый номер окружной газеты.

12 сентября 1856 года на юго-восточной окраине города Прейсиш-Эйлау в присутствии короля Фридриха Вильгельма IV состоялась торжественная закладка обелиска в память о сражении 1807 года, открытого 20 ноября того же года. Памятник был воздвигнут по проекту архитектора Фридриха Августа Штюлера и получил в народе название «Памятник трем генералам». В 1861 году в Прейсиш-Эйлау было построено новое здание Королевского учительского института. В 1866 году было открыто железнодорожное сообщение Прейсиш-Эйлау с Кенигсбергом (ныне город Калининград) и Бартенштайном (ныне Бартошице, Польша).
Во время Первой мировой войны в районе Прейсиш-Эйлау активных боевых действий не вилось. В ходе Восточно-Прусской операции части 1-ой русской армии с 26 августа по 3 сентября 1914 года занимали Прейсиш-Эйлау. Начавшееся наступление 8-й немецкой армии вынудило русские войска оставить город. Городским строениям и имению, принадлежащему в то время профессору Густаву Валентини, ущерба причинено не было. Следующий хозяин имения, Артур Валентини, разводил на территории в 503 га элитные породы лошадей.

В 1932 году семейство Валентини передало старое здание усадьбы, располагавшееся на территории замка, городскому магистрату Прейсиш-Эйлау, в том же году там был организован музей. В 1939 году население города Прейсиш-Эйлау составляло 7 485 человек. Город Прейсиш-Эйлау являлся центром одноименного района и входил в правительственный округ Кёнигсберг.
10 февраля 1945 года в ходе тяжелых кровопролитных боев Город Прейсиш-Эйлау был взят воинами 55-й гвардейской стрелковой дивизии под командованием генерал-майора А.П. Турчинского 28-й армии генерала А.А. Лучинского, части которой обходным маневром с севера и юга при содействии правофланговых частей 2-й гвардейской армии генерала П.Г. Чанчибадзе захватили город. Во взятии Прейсиш-Эйлау непосредственное участие принимали части 3-го гвардейского стрелкового корпуса под командованием гвардии генерал-майора П.А. Александрова и 96-й гвардейской стрелковой дивизии под командованием С.Н. Кузнецова 28-ой армии 3-го Белорусского фронта.
Указом Президиума Верховного Совета РСФСР от 7 сентября 1946 года город Прейсиш-Эйлау был переименован в Багратионовск. 9 мая 1954 года на центральной площади города был установлен бюст П.И. Багратиона работы калининградского скульптора Оксаны Аврамченко (1911-1976).
В декабре 1946 года в Багратионовске насчитывалось 2985 жителей, в том числе 2440 немцев, в марте 1947 года - 5941 житель, в том числе 2441 немец, в октябре 1947 года - 5229 жителей, в том числе 2300 немцев.
С 27 ноября 1961 года территорию замка и форбурга занимала Багратионовская контора райпотребсоюза, устроившая там склад. До конца 1980-х годов на месте западного флигеля замка существовал стрелковый тир. В августе 1990 года в средней секции форбурга произошел пожар.
В 1968 году население города Багратионовска составляло 4,3 тыс. человек, в 1979 году – 6,о тыс. человек, в 1989 году - 6,7 тыс. человек, в 2000 году - 7,3 тыс. человек, в 2020 году – 6,4 тыс. человек.